Si tratta del capomafia palermitano Salvatore Madonia, di Vittorio Tutino, (assistiti dagli avvocati Flavio Sinatra, Piera Fraina a Barbara Amicarella) e dei collaboratori di giustizia Gaspare Spatuzza, Vincenzo Scarantino, Salvatore Candura, Francesco Andriotta e Calogero Pulci. Madonia, Tutino e Spatuzza sono accusati di strage mentre gli altri rispondono di calunnia aggravata. Salvatore Madonia, detto Salvuccio, è considerato uno dei mandanti della strage.

I magistrati hanno raccolto riscontri alle dichiarazioni del collaboratore di giustizia Gaspare Spatuzza, che ha fortemente contribuito a ridisegnare il quadro delle responsabilità ed è stato ritenuto attendibile: si è attribuito un ruolo nella preparazione dell'attentato di via D'Amelio, ammettendo di aver rubato la Fiat 126 che venne poi usata come autobomba per assassinare Borsellino. Esce di scena il meccanico che avrebbe sistemato le ganasce del Fiat 126, Maurizio Costa. Tutino è accusato di aver effettuato, assieme a Spatuzza, il furto della Fiat 126 da utilizzare per la strage. Avrebbe anche procurato due batterie e un'antenna, necessari per alimentare e collegare i dispositivi di innesco dell'esplosivo collocato nella Fiat 126 parcheggiata in via D'Amelio. Pulci, risponde solo di calunnia aggravata perchè nel processo "Borsellino Bis" in appello incolpò falsamente Gaetano Murana, di aver partecipato alle fasi esecutive dell'attentato di via D'Amelio. Murana venne poi condannato all'ergastolo.